中央层面，韩国对食品安全的监管主要有三大监管机构，分别是：国家食品安全政策委员会（Food Safety Policy Committee）、食品农林渔业部（Ministry for Food Agriculture Forestry and Fisheries，MIFAFF）、保健福利部（Ministry of Health and Welfare，MOHW）及其下属的食品药品监管局（Korea Food and Drug Administration，KFDA）。国家食品安全政策委员会负责统管韩国食品安全管理工作；食品农林渔业部及部内多个机构负责规管渔食品、牲畜，奶类及蛋类产品；保健福利部及其下属的食品药品监管局负责监管普通食品（食品农林渔业部管辖的食品除外）、保健功能食品、食品添加剂、食品包装、容器及设备。

在地方的层面，省市政府负责例行的行政职务，例如食品业发牌事宜及就食品规例提供一般指引。食品药品监管局的地区办事处执行与其专业角色有关的特定职务，例如向保健产品制造商发牌，进行HAPP认证及生产品质管制规范审查。

1、韩国国家食品安全政策委员会

    在《食品安全框架法令》（Framework Act on Food Safety）于2008年制定后，韩国食品安全政策委员会自2009年起在韩国总理公署之下设立，委员会由韩国总理担任主席，成员包括负责食品安全规管的多位部长，例如食品农林渔业部部长及保健福利部部长。

    韩国国家食品安全政策委员会负责统管政府食品安全管理工作，统筹食品安全政策，及整合多个部及机构所推行的食品安全管理活动。总理通过食品安全政策委员会的审议，每3年制定食品安全管理的基本计划，相关的政府其它部门及地方自治团体根据此基本计划，每年制定具体的实施计划。

2、食品农林渔业部（MIFAFF）

    食品农林渔业部原是农林部，2008年海洋水产部的渔业相关事务划入，改组为食品农林渔业部。食品农林渔业部是韩国目前负责制订农业，牲畜及乳制品相关政策及规例的最高级政府机关，并负责促进国内的渔农业发展。食品农林渔业部的多个机关负责执行与各类食品产品有关的规例。

3、保健福利部（MOHW）

    保健福利部于1998年将其大部分食品监管职能划归到韩国食品药品监管局（KFDA）。卫生福利部保留了对《食品卫生法》（Food Sanitation Act）和《保健功能食品法》（Health Functional Foods Act）及其实施总统令和部级法令进行修改的职能。目前，保健福利部内设食品政策部门（Division of Food Policy）负责监管食品政策和行业。

4、韩国食品药品监管局（KFDA）

    KFDA是保健福利部的外厅，隶属于保健福利部。KFDA是韩国负责食品（包括本地生产及进口食品）安全的主要执法机构。具体负责对普通食品、功能食品、食品添加剂、食品包装、容器和相关设备的标准和规范的制定和执行，以及对进口食品的监管。KFDA负责食品安全监管的主要是食品安全组（Food Safety Bureau）和预防风险政策组（Risk Prevention Policy Bureau）。

    食品安全组的主要职能有：a）制定食品安全一般计划；b）执法打击有问题和不卫生的食品；c)预防及调查食源性疾病的爆发；d)监督食品进口及出口，以及对进口食品进行检查；e)制定进口食品预先登记制度；f)制定和管理韩国食品HACCP计划；g)制定及执行关于食品，食品添加剂，保健功能食品的标准及规格，制定食品及食食品成份的微生物含量准则。

    预防风险政策组的主要职能有：a)监督检查市场上出售的食品；b)制订预防风险的政策；c）制订紧急情况应对管理体系；d)制订通报风险信息的策略性计划。

    2009年5月，KFDA成立了国家食品及药物安全评估研究所（National Institute of Food and Drug Safety Evaluation），该研究所扮演智囊的角色，向KFDA的决策者提供科学资料，以帮助决策者作出科学的管理决策。