中国涉及水产品的监管机构主要涉及农业部、国家卫生和计划生育委员会、国家食品药品监督管理总局和国家质量监督检验检疫总局。此外，还有全国水产标准化技术委员会（TC I56）负责全国水产标准化工作

农业部主要负责鲜活等初级水产品的水产品质量安全管理，主要监管环节是海洋捕捞、内陆及沿海水产品的养殖生产，其中最重要的职责是渔业生产和水产品养殖加工的施药管理和药残检测。在农业部内部，几乎所有业务部门都与水产品质量安全工作相关，包括渔业局、政策法规司、市场经济体制与经营管理司、农产品加工司、兽医局等等，其中最主要的负责机构为渔业局，该局负责全国水产品的养殖、加工、捕捞、渔用船舶、渔港、渔船、水产品流通、远洋渔业和渔业生态环境等行业生态管理。此外，农业部还下设国家水产品质检中心、渔业环境监测中心、中国水产品质量认证中心等开展水产品生产监测的辅助性研究工作。

国家卫生和计划生育委员会是根据《国务院机构改革和职能转变方案》和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔2013〕14号）设立的，为国务院组成部门，负责统筹规划医疗卫生和计划生育服务资源配置，组织制定国家基本药物制度，拟订计划生育政策，监督管理公共卫生和医疗服务，负责计划生育管理和服务工作等。其中，涉及水产品的职责包括：负责起草水产品相关的法律法规草案，拟定政策规划，制定相关部门规章、标准和技术法规；组织开展食品安全风险监测、评估，依法制定并公布食品安全标准，负责食品、食品添加剂及相关产品新原料、新品种的安全性审查等。

 国家食品药品监督管理总局是国务院综合监督管理药品、医疗器械、化妆品、保健食品和餐饮环节食品安全的直属机构，负责食品、药品、医疗器械、化妆品的监督管理。其中涉及水产品的职责主要涉及水产品市场销售环节和水产品加工制品的生产加工、流通、消费等各个环节的质量安全监管。

国家质量监督检验检疫总局主管全国进出口水产品检验检疫及监督管理工作。国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）负责所辖区域进出口水产品检验检疫及监督管理工作。

除上述监管机构之外，负责全国水产标准化工作的是全国水产标准化技术委员会（TC I56）（http://www.cafs.ac.cn/），其秘书处所在单位为中国水产科学研究院。TC 156下设8个分技术委员会，分别为TC156/SC1 淡水养殖分技术委员会、TC156/SC2 海水养殖分技术委员会、 TC156/SC3 水产品加工分技术委员会、TC156/SC4 渔具及渔具材料分技术委员会、 TC156/SC6 渔业机械仪器分技术委员会、 TC156/SC8 观赏鱼分技术委员会、TC156/SC9      珍珠分技术委员会和TC156/SC10 渔业资源分技术委员会。