美国的渔业管理机构分联邦、州和地方政府三级：其中联邦政府负责全国性及州际食品安全事务，涉及到农业部、商务部、卫生与人类服务部、环境保护局等有关部署的下署具体管理部门，如食品与药品管理局、食品安全检验局、国家海洋渔业管理局和水资源办公室等部门；州政府主要负责本州内部的食品安全，涉及卫生保健厅、环境保护厅、农业厅、资源和野生动物保护厅等部门；地方政府主要是市政当局，承担本辖区的监管责任。

    美国卫生与人类服务部（DHHS）下属的食品药品监督管理局（FDA）是美国联邦政府主管食品与药品的最高行政管理机构，它的使命是通过《联邦食品、药品和化妆品法》（FD&C Act）和其他公众健康法律来保护消费者健康。美国80%的食品都由FDA监管，监管食物类别为膳食补充剂、瓶装水、食品添加剂、婴儿配方奶粉、其他食品（不包含肉、禽和蛋制品），水产品也是由FDA进行监管的。FDA在水产品监管中主要负责水产品质量及其标准的制定与执行，并且主要对水产品进出口的程序以及进出口水产品的质量进行监管。FDA管辖的鱼类和贝类主要指牡蛎、大马哈鱼、虾和金枪鱼这几类水产品，规定了包括定义、可选用的原料种类、生产工艺、产品规格、沥干物测定方法、抽样和验收步骤、标签等方面的要求（21CFR161）。

    美国农业部（USDA）主要负责对鮰鱼的监管，与FDA和州立机构共同负责贝类卫生计划的实施。

    美国商业部（YSDC）下属的国家海洋与大气管理局（NOAA）与FDA签署了谅解备忘录，开展联合水产品检查计划。NOAA根据《水产品检查计划》（Seafood Inspection Program），通过收费服务(fee- for–service)的方式，对加工渔船和水产品加工厂提供检查检测服务。