1.贸易部
印度尼西亚主管贸易的政府部门是贸易部，其职能包括制定外贸政策，参与外贸法规的制定，划分进出口产品管理类别，进口许可证的申请管理，以及制定进口商和分派配额等事务。
印度尼西亚政府在实施进口管理时，主要采用配额和许可证两种形式。适用配额管理的主要是酒精饮料及包含酒精的直接原材料，其进口配额只发放给经批准的国内企业。适用许可证管理的产品包括工业用盐、乙烯和丙烯、爆炸物、机动车、废物废品、危险物品，获得上述产品进口许可的企业只能将其用于自己的生产。其中，氟氯化碳、溴化甲烷、危险物品、酒精饮料及包含酒精的直接原材料、工业用盐、乙烯和丙烯、爆炸物及其直接原材料、废物废品、旧衣服等九类进口产品主要适用自动许可管理；丁香、纺织品、钢铁、合成润滑油、糖类、农用手工工具等六类产品主要适用非自动许可管理。为方便进口，印度尼西亚贸易部推行网上办理进口许可证，全国一站式服务只需8小时，相较手工办理许可证的5-10天时间效率大幅度提高。
2. 药品食品监督管理局
2001年，药品食品监督管理局（The National Agency of Drug and Food Control, NA-DFC, 印尼语的缩写为BOPM），从卫生部独立出来，成为印尼国家层面具体负责药品与食品监督管理的机构，职责包括对药品、生物制品（包括疫苗）、麻醉和精神类产品、传统药物、食品补充剂、加工食品、化妆品、危险物质进行上市前的评估和预警、上市后的监管，并负责产品的注册。其主要任务是：
- 利用国际标准实施上市前和上市后的监管；
- 持续实施质量管理体系
- 优化不同产业利益相关方之间的关系
- 使公众能有保护自己免受健康风险的能力
- 建设一个具有学习能力的组织
为最低限度地降低可能发生的健康风险，BOPM的管控体系主要从三个方面进行，即生产者、消费者、政府。 BOPM的管理人员主要包括主席、监察员以及各署的常任秘书长。BOPM下设国家食品药品管理实验室、食品药品投资中心、食品药品研究中心、食品药品信息中心，在31个地区设立了办公室。根据所管控的产品范围，BOPM将其职能分为三大块。
3. 卫生部
印尼卫生部（Ministry of Health Republic of Indonesia）是印尼主管卫生工作的政府组成部门，卫生部部长由总统任命对总统负责。卫生部的主要任务在于协助总统执行卫生与健康领域的政府事务，职能包括：制定卫生工作的法律、法规、政策与指南；拟定卫生事业发展规划和战略目标；制订技术规范和卫生标准并监督实施；建立卫生领域的国家信息系统与质量要求；确立医疗健康保险政策；制定卫生技术与健康领域标准并发布指南；流行病监控等。此外，卫生部还对食品的进口实施监管。
