印尼法律规定，无论是在印尼国内生产或进口至印尼的以零售包装销售的加工食品，在印尼国内进行销售之前，都必须取得注册许可，从而保证销售的食品与印尼的食品安全、质量、营养及标签法规相符。2008年3月，BPOM发布条例宣布所有加工食品、食品原料、食品添加剂、加工助剂（processing aids）及食品配料等，其每一批次的进口必须获得BPOM的进口许可（SKI），从而加强了对进口食品注册的管制。
进口注册由本地代理或进口商进行申请，进口商必须向BPOM申请注册号，并由其进行检测。检测过程繁琐且费用昂贵，每项检测费用从5万印度尼西亚盾（约6美元）到250万印度尼西亚盾（约300美元）不等，每一件产品的检测费用在100万印度尼西亚盾（约120美元）到1000万印度尼西亚盾（约1200美元）之间。此外，印度尼西亚药品食品管理局在测试过程中要求提供极其详细的产品配料和加工工艺情况说明，这可能侵害商业秘密。这些规定加重了出口商的负担。
1.注册相关的法律法规
作为政府条例《食品安全、质量及营养》（No28/2004）的执行条例，2011年颁布的《加工食品注册》（No.HK03.1.5.12.11.09955）、（No. HK.03.1.5.12.11.09956）、BPOM法规No. 42/2013及No. 43/2013规定了注册相关的程序，此外，BPOM法规No. 1/2013表明，2013.03.11后，食品应进行在线注册。其他与注册相关的法律法规如下：
- 《健康法》（Law No. 23 of 1992 on Health）
- 《消费者保护法》（Law No. 8 of 1999 on Consumer Protection）
- 《食品法》（Law No. 18 of 2012 on Food）
《食品标签与广告政府条例》（Government Regulation (PP) No. 69 of 1999 on Food Labeling and Advertising）注册豁免的加工食品包括了：家庭手工生产的食品（home industry）、室温下最长可保质7天的食品或以食品注册申请为目的小规模进口到印尼的食品、科研目的的食品、自用食品、预期作为原料使用并且不直接销售给最终消费者的食品。
2.注册所需文件
2.1 一般信息
一般信息包括以下内容：
- 食品类别名称
- 商品名
- 包装类型
- 净重量/净含量
- 与自由销售证书（Free Sale Certificate）上的名称可能相似的供应商名称
- 进口商/经销商名称
2.2 管理文档
- 原国家/产地生产商的代理销售协议（Letter of appointment, LOA）。
如果进口商或销售商并不是生厂商直接指定的代理销售，那么协议必须对各相关方的关系予以说明，LOA有效期1年。从2013年1月开始印尼实行新的进口条例，该条例就是印尼海关正式施行对进口商品的代理销售协议管理，即要求进口方出示一份由出口方授权的代理销售协议，此协议须经过印尼驻出口国的领事馆认证以后才生效。
2.3 技术文档
- 所用原料的组成清单，包括成分的来源（植物/动物）、Brix value等
- 对某些特殊原料的说明：来源于玉米、豆类、西红柿及土豆的原料的基因改造（GMO）状态；来源于奶类、鸡蛋面粉、碳酸氢铵的原料的产地或国家
- 对某些来源于植物或动物的特定原料的说明，包括明胶、甘油、酶、脂肪、胶原、初乳、胚胎提取物、血液提取物、水解血红素、角蛋白、毛发提取物、胎盘、蛋白、胸腺提取物、胸腺水解物、胃提取物、油、酥油、增稠剂、乳化剂、稳定剂。对于肉类或肉制品，如果是印尼国内生产，需提供动物屠宰工厂的声明；如果是进口产品，需提供MOA出具的反刍动物及衍生产品的推荐说明。
- 对蜂蜜原料氯霉素含量的说明
- 生产工艺流程图，包括温度、压力、加热过程或GMP（良好生产规范）/HICCP（危害分析与关键点控制）/ISO22000证书
- 授权实验室或政府实验室的分析证书（Certificate of analysis, COA），有效期1年。分析证书应包括微生物污染、化学污染、食品添加剂（使用色素、人工甜味剂、防腐剂或抗氧化剂）、净重、质量、SNI强制性产品需提供SNI标准、营养成分、营养/非营养声明、酒精含量、咖啡因含量、蜂蜜氯霉素含量、甲醛三聚氰胺、间胺黄、罗丹明B相关信息
- 产品保质期信息
- 生产编号信息
- 标签设计
2.4 其他支持材料
- 商标注册证（Trade Mark Certificate）
- 如果食品标签声称该产品来自于有机原料，则必须提供监管当局颁发的有机证书并且经过MOA确认
- 非转基因改造产品证明
- 食品辐照信息
- 对标签中的声称予以支持的科学证据
3. 注册流程及具体要求
出口食品至印尼首先需取得卫生部批准以及在贸易部登记注册，通过印尼BPOM的检查后，取得“进口产品注册号”（Makanan Luar, ML）才可以在市场销售。进口食品的程序为：
- 提供产地证明及原产国政府出具的卫生或核准出口证书
- 提供食物样品（须附上原包装）
- 原材料标示（含来源地）、添加物与包装材料标示（肉或肉制品，需提供印尼农业部的验证函）
- 提供生产流程、条形码、过期日期等资料
- 生产国相关机构出具的产品分析证书，包括化学成份、食品添加物、生物学和重金属污染分析。
依据印尼政府规定，同样的外国食品若使用不同的包装材料，则需申请不同的ML号码；相同包装材料但重量不一样的包装则可使用一个ML号码。进口食品须贴上ML标签，以印度尼西亚文标示BPOM 注册号、品牌名称、产品种类、净重或容量、生产商或进口商名称与地址，此外须标示成份、有效期、产品代码、营养成分。申请ML号码耗时约1星期至1个月，每个号码执照费为300万印度尼西亚盾（约折合270美元），有效期为5年。
此外，进口食品必须由有进口许可执照的注册公司进口，所有文件必须附有印尼海关货物通关证明以及各种税捐的完税证明。外国食品若欲进一步取得印度尼西亚HALAL之认证，须先取得BPOM的成份与卫生证明，然后由MUI进行审核。HALAL认证之效期为2年，届满后须重新申请。
目前，“ML”与“HALAL”证明多由印尼本地代理商代为申请。在2008年中国发生毒奶粉事件后，印尼政府自12月起对食品饮料加强进口管制，仅注册备案的进口商得以进口、须办理装船前检验公证，而且仅准从5个港口（棉兰Belawan、雅加达Tanjung Priok、三宝垄Tanjung Emas、泗水Tanjung Perak与锡江Soekarno-Hatta）进口，海关作业之迟缓造成许多外国食品之缺货。
2011年7月1日起，编号为63/PMK.04/2011的财政部长条例开始生效。该条例要求所有未持有海关识别号码（NIK）的进出口商都必须进行登记，并且必须在2011年7月1日起６个月内进行登记。６个月后，凡是不具备海关识别号码的进出口商，海关将不予通关处理。
