欧盟委员会是欧盟的常设执行机构，负责实施欧盟条约以及监督欧盟法律法规的实施等职能。为了更好履行职责，欧委会设立了许多总司，2014年，欧委会内部进行改革重组，其中负责食品安全的总司由之前的健康与消费者保护总司变成了卫生和食品安全总司。此外，欧盟委员会于2005年设立了消费者，卫生，农业和食品执行机构：执行欧盟的健康计划，消费者计划和开展更安全的食品行动培训，协助卫生与食品安全总司的相关工作。
真正履行食品安全监管职能的机构就是卫生和食品安全总司，这个总司下设四个办公室，分别是食品链，利息相关者和国际关系、食品和饲料安全，改革、卫生与食品审计和分析 以及食品、动物和植物的危机管理办公室；
其中，主要负责食品安全监管的执行机构是卫生与食品审计和分析，原食品与兽医办公室（FVO）；FVO负责监督欧盟各成员国对欧盟兽医、植物检疫以及食品卫生相关法规的执行情况，从而增强欧盟消费者对食品安全的信任。此外，FVO还负责审核、控制和监管整个食品链中对食品安全和食品卫生相关的遵守情况，并且将结果公布于公众。
下设了执行委员会&科技委员会（植物、动物，食品和饲料常设委员会），为欧盟制修订相关法律法规的时候提供帮助，该常设委员会覆盖整个食品链，从农场的动物健康到消费者餐桌。
