欧盟负责食品检测的主要职能部门是欧盟委员会下设的健康和消费者保护总司，是欧盟的农、兽药和化学污染物残留主管部门。1997年4月1日，又成立了欧盟兽医与食品办公室（The Food and Veterinary Office，FVO）专门负责农、兽药和化学污染物残留监控行动。该办公室负责制定年度残留监测计划，并与各成员国内相应机构联系，督促其制定本国残留监测计划和协作残留监测计划，公布残留监测结果。与残留监控计划相关的最大残留限量（MRL）由新成立的食品安全局通过风险评估的方式组织制定并通过欧盟委员会指令的形式发布实施。 具体的监管内容有：监管成员国对动物源性食品的监测体系，监管在食品中使用的化学品，监管进口食品；对蔬菜及其制品的监管，尤其是对水果和蔬菜、有机水果和蔬菜，包括进口水果和蔬菜中农药残留的监管；对动物健康的监管；对植物卫生的监管，包括植物中有害组织、转基因组织、农药以及有机农业的监管。