日本立法、行政、司法机构组织架构如下图所示。
日本立法、行政、司法机构组织架构图
1. 国会
日本的国会是在明治维新以后，根据1889年"明治宪法"于1890年开始设立的，称"帝国议会"，由贵族院和众议院组成。它仅对天皇起"赞助"作用，权力非常有限。
战后，"帝国议会"改为"国会"。根据《日本国宪法》规定，国会是国家的最高权力机关和唯一的立法机关，所谓“唯一的立法机关”，包含了两层意思：第一，所有的国家立法都由国会进行，国会以外的机关不得进行国家立法，即国会中心立法原则；第二，国会在立法过程中不受其他国家机关的干预，只有国会的议决才能制定法律，即国会单独立法原则。
日本国会实行两院制，上院为参议院，其立法职权主要是：提出法案；讨论和通过法案；修改宪法。下院为众议院。尽管原则上参议院和众议院享有同等的权力，但众议院除享有与参议院相同的立法职权外，还拥有对内阁提出不信任案的权力。当两院决议不一致时，以众议院的决议为国会的决议。日本国会两院都有若干常设委员会，其中众议院有20个常设委员会，参议院有17个常设委员会。参众两院的常设委员会由部分具有一定专业能力的议员组成，权力较大，构成国会的中心。
两院议员均由普选产生，其定额由法律规定。众议院议员任期四年，但众议院提前的解散时，其任期随之结束；参议院议员任期六年，每三年改选其中的半数。在众议院被解散时，参议院同时休会，但在紧急需要时可举行临时会议。
国会除每年召开一次常会（为期约150天）外，如经任何一议院全体议员1/4以上要求，内阁必须召开集临时会议。在众议院被解散和重新举行众议院议员总选举之日起30天内须召开国会特别会议。除特殊情况外，国会会议均公开举行。国会两院分别设正、副议长各一人，由各议院选举产生。两院分别设有若干常设委员会和特别委员会，国会的议事活动大部分是在这些委员中进行的。
国会的主要职权是：制定宪法和法律；组织和监督政府；审核和批准由内阁编制提出的财政预算以及和外国缔结的各种条约等。凡法律案，除宪法有特别规定者外，经两院表决通过后便成为法律。众议院通过的法案在参议院作出不同决议时，如经众议院出席议员2/3以上的多数再次通过，即成为法律（在一般情况下，往往通过两院协议会来解决）。预算案、条约、协定等经众议院通过并提交参议院后，除国会休会期间不计外，参议院在30天内不作出决议时，即以众议院的决议作为国会决议。国会（主要是众议院）有权对内阁的施政方针等提出质询，监督行政活动；在必要时可以用通过不信任案或否决信任案的方式迫使内阁总辞职。
日本国会中，众议院有议员480席，参议院有议员252席。
2. 行政机关
日本的内阁是明治维新以后，在太政官制的中央政府的基础上演变而来的。1885年根据天皇的敕令开始建立内阁，其下属行政机构称"省"（相当于我国的部）。此时国家的最高行政权仍属于天皇，内阁仅仅处于"赞助"地位。
战后，废除了天皇集权制的"敕令内阁"，改为"议院内阁制"。根据《日本国宪法》规定：国家的行政权属于内阁。内阁是行政权的主体，一切负有行政职能的机关都必须在内阁的统一支配之下。内阁由总理大臣及其他国务大臣组成，但所有内阁成员都必须是文职人员，而不能是现役的武官。内阁总理大臣也称首相，是最高行政首脑，他由国会提名经议员选举产生，并经天皇任命。内阁其余各国务大臣均由总理大臣任命（或罢免），但其中1/2以上必须从国会议员中选任。战后以来，历届内阁绝大部分是由在国会中占多数议席的政党（即执政党）组成的，该党的领袖（总裁）便成为内阁总理大臣的当然人选，其内阁成员也多半是从该执政党所属的国会议员（主要是众议院议员）中任命的。
内阁除执行一般行政事务外，主要行使下列职权：负责执行法律，总理国务；处理对外关系；缔结条约；掌管有关官吏的事务；编制预算；为实施宪法和法律而制定政令；决定大赦、特赦、减刑，刑罚执行的免除及恢复权利。此外，内阁还有权对天皇的有关国事行为提出建议和承认；有权建议天皇解散众议院、召开国会；决定召开国会临时会议、参议院紧急会议等。内阁还负责提名最高法院院长及任命各级法官，向国会报告国家财政收支情况等。
内阁行使行政权，集体向国会负责。在日本，宪法允许国会对内阁进行授权立法，其范围和内容包括：内阁有权制定政令；政令原则上是为了实施法律规定，只能以必要的细则规定为其内容；允许法律对政令授权；在有法律授权时，政令也可以制定罚则。当众议院通过对内阁不信任案或否决了信任案，而此后10天内众议院又未被解散，则内阁必须总辞职。当众议院总选举后，首次召集国会时，原内阁也必须总辞职，然后向国会重新选举内阁总理，由新任总理组阁。
日本现任内阁由内阁总理大臣（首相）和分管各省、厅（部委）的大臣组成现将日本部分机构名称和官衔做简要介绍。
厚生劳动省：由厚生省和劳动省合并而成，主要职能是负责全国的医疗卫生、社会保险、食品安全监督、就业以及劳动生产安全保障等，相当于我国的卫生部、劳动和社会保障部以及民政部所承担的工作。
文部科学省：由原文部省和科学技术厅合并而成，主要分管全国的初等和高等教育、文化艺术和科学技术的研发和推广运用等工作。相当于我国的教育部、文化部、科学技术部以及国防科工委所承担的工作。
国土交通省：主要负责日本全国的国土资源保护和开发、公路交通的建设和管理，铁道交通的监管及气象、地震的预报和预防等方面的工作。另外，负责海上交通安全、船舶出入港口以及打击海上走私和犯罪等工作的海上保安厅也隶属于国土交通省。该省主管的业务范围基本上相当于我国的国土资源部、交通部、铁道部、国家旅游局和负责海岸警备、海上安全的武警部队等的工作。
3. 地方公共团体
为保证国民充分享有民主、参与政治，日本宪法第92条规定了地方公共团体实行自治的原则。1995年5月，日本国会通过了《地方分权推进法》。1999年7月，日本国会通过了《有关推动地方分权相关法律建设的法律》（《地方分权一览法》）。
日本宪法规定的所谓地方公共团体是指“在以国家领土的一部分为基础的区域内，以执行与本区域有关的公共事务为目的而存在，为了实现其目的，在国家法律范围内具有管理财产的能力以及对居民拥有课税及其他统治支配权的团体”。日本地方自治法对地方公共团体进一步做了划分，分为一般地方公共团体和特殊地方公共团体。前者指道、府、县、市、町、村；后者指特别区、地方公共团体组合、财产区以及地方开发事业团。这些团体依据宪法和地方自治法有权制定条例。条例是地方公共团体制定的法律规范形式的名称。
地方公共团体制定条例权的形式受到以下限制：1、制定条例的程序必须由法律予以规定并符合法律的程序要求；2、条例的涉及事项不得超出法律允许的范围，越权无效；3、条例的位阶在法律之下，其法律效力低于法律。而且，条例也不得同依照法律制定的法令（政令）相抵触。
4. 最高法院
日本法院的组织系统分为最高法院和下级法院两大类。其中下级法院又分为高等法院、地方法院、家庭法院和简易法院四种。
最高法院设于东京，是日本的最高国家司法机关，与国会、内阁处于平等的法律地位，分掌国家司法权。最高法院由1名具有法官资格的院长和14名法官共计15人组成。根据《法院法》规定，最高法院法官由内阁从“见识广博、具有法律素养”，年龄在40岁以上的人士中任命。
最高法院内设一个大法庭和三个小法庭。大法庭由全体15名法官组成，主要审理有关宪法问题等重大案件。小法庭由5人组成，主要审理对下级法院判决的上诉案件。大小两种法庭的判决都是终审判决，具有同等法律效力。大小法庭开庭时，必须达到法定的法官出庭人数，才能开庭审判，大法庭为9人以上，小法庭为3人以上。
日本最高法院规则制定权及其运作程序较有特色。日本宪法第77条第一款确立了最高法院就诉讼程序、律师、法院内部规章以及司法事务处理等事项的规则（最高法院规则）制定权。据此，日本最高法院规则制定权的范围为：关于诉讼程序事项；关于律师的事项；关于法院内部规制的事项；以及关于司法事务处理的事项。确立最高法院规则制定权的根据一般认为是为了强化司法权独立的保障，也因为由明了诉讼实际情况的法院来随机应变地就诉讼程序等事项的规则进行立改废是合目的的。最高法院规则由最高法院的法官会议议定。作为制定规则的咨询机关，最高法院设置了四种最高法院规则制定咨询委员会：民事规则制定咨询委员会、刑事规则制定咨询委员会、家庭规则制定咨询委员会以及一般规则制定咨询委员会。各委员会由最高法院从法官、律师、检察官、有关机关的职员、学者中任命25名以内的委员组成。其宗旨在于充实强化司法权的自主性，尊重裁判程序的专业技术性，便于裁判程序的有效运作。日本最高法院于1947年制定了《最高法院裁判事务处理规则》，1948年制定了《下级法院事务处理规则》和《日本刑事诉讼规则》，1952年制定了《法院旁听规则》等。
