1. 出口限制措施
    全面控制（Ｃａｔｃｈａｌｌ）制度是日本为防止大规模杀伤性武器和技术流出而采取的出口管制制度。从２００２年起，由政府收集信息，制定并公布《全面控制出口管制外国最终用户名单》（以下简称“名单”），每年４月修订一次。日本出口企业在向被列入《名单》的企业和组织出口有关敏感货物、技术时，须向日本经济产业省进行“事前咨询”。该项措施实际上是审批，如得不到该省认可，货物或技术不得出口。２００２年以来，日本政府每年将多家中国公司、科研机构和大学列入日本实施的《全面控制出口管制外国最终用户名单》（以下简称“名单”）。２００８年６月日本经产省公布了２００８年度“全面控制出口管制外国最终用户名单”，中国企业新增５家、删除２家，总数增至１７家，比２００７年增加３家。被列入名单中的中国实体有的长期从事中日贸易，有的是日本企业的长期客户，由于被列入“名单”，其对日相关进出口业务已被迫停止，甚至影响到与其他国家贸易往来。美国政府将该《名单》登载在相关网站上，造成美企业拒绝与《名单》中的中国实体开展业务或中止正在进行的业务。这既不利于中日贸易的长期稳定发展，也有损于日本企业的自身利益，使两国企业均遭受了不应有的损失。中方希望日方能采取切实措施，尽快将中国实体从名单中删除。

2. 服务贸易壁垒
    日本在服务贸易方面也设有众多市场准入壁垒。例如建筑业，由于日本尚未开放劳务市场，加之本国固有的承包、分包体系，外国企业很难进入日本建筑市场。再如海运业，在日本的现行港运体制中，外国船公司只能租用码头，而无法进入码头装卸等服务市场。而根据《船舶法》的有关规定，日本国内海运市场，原则上只对日籍船只开放，虽然不限制外国企业对国内海运事业的直接投资，但必须在日本国内设立企业后方可进入该行业。

3. 技术性贸易壁垒（TBT）
(1)加强对化学品管制
    ２００８年１１月，日本政府表示将在２０１０年以法律形式要求从事化学品业务的相关企业就化学品产量、进口量以及用途等每年向政府报告一次，目的是对可能造成环境和健康危害的化学品进行严格管理。这项制度被称为“日本版ＲＥＡＣＨ”。新制度将在对现有的“化学物质审查规制法”修改的基础上引入。经济产业省、环境省、厚生劳动省已草拟了相关方案，并将在２００９年提交国会审议。日本版ＲＥＡＣＨ 将对两万多种化学品规定报告义务。政府通过对企业报告资料的汇总分析来把握化学物质总量，并监督其不会对环境和国民健康造成损害。同时，政府还将公布危险性较高的“优先评价物质”，并把有害化学品由３５４种增加到４６２种。对危险化学品将实行从供货商到生产的全过程管理。估计这项制度的实施将涉及日本包括化学品生产、汽车、电器等数千家企业。由于这项制度的实施可能给中国相关出口企业带来负面影响，增加出口成本和出口难度，中国对这一提案表示关注。

 (2)频繁修改食品质量标签要求
    日本对于食品质量标签要求修改非常频繁。２００８年日本农林水产省先后宣布对鱼片、火腿、香肠、醋、调味料、脱水汤料、挂面、方便面、糙米和精米、酱油、番茄、咸肉等约２０种食品的标签标准进行修改，除了修正定义外，还提高了上述产品的配料清单标示要求。中方认为，日本对于食品标签的修改过于频繁，导致生产商将为了满足日本的要求而不断更改标签，不必要地提高了生产成本。

4. 卫生与植物卫生措施（SPS）
    中国是日本第二大农产品和食品供应国，对于中国输日农产品，日本坚持采取一些非常规入境检疫措施，使中国相关产品对日出口受到一定影响。
(1)高标准农兽药残留指标
    肯定列表实施后，日本不断大幅提高各类农产品中农兽药残留指标，２００８年先后加强环丙酰亚胺、戊唑醇、替米考星、莠灭净、稻瘟灵、茚草酮、苯酮唑、禾草丹、吡草醚、氟酰胺、氟虫酰胺、苯噻酰草胺、苯并双环酮、乙虫清、欧索林酸、肟醚菌胺、苯噻菌胺、呋草黄、虫螨脒、环氧乙烷、二氯丙烯胺、烯酰吗啉、环丙氨嗪、氯吡嘧磺隆、咪唑菌酮、噻嗪酮、甘草酸、沃尼妙林、氟啶虫酰胺和双炔酰菌胺的最大残留限量，其中很多杀虫剂残留限量指标都严于国际标准。

(2)禽肉生品出口问题
    ２００４年１月，日本因中国部分地区发生高致病性禽流感疫情而全面停止中国禽鸟及其产品的进口。其后，日方同意有条件解除对中国熟制禽肉的进口限制，先后分两批开放中国９１家禽肉熟制品企业对日出口。２００７年１月１８日，国家质检总局曾与日本农林水产省会谈，希望日方恢复从中国无规定疫病示范区的优秀企业进口禽肉冻品。日方表示，在有关ＯＩＥ非疫区生产小区的具体适用标准制定后，尽最大能力使此问题尽快得到解决。后因“饺子事件”等食品质量安全问题影响至今没有解禁。

(3)肯定列表制度问题
    日本于２００６年５月２９日开始实施食品中农业化学品肯定列表制度。肯定列表制度实施近三年来，给中国食品农产品对日出口带来巨大影响。日本是中国农产品出口的第一大市场，肯定列表制度的实施直接影响到中国近８０亿美元的出口额，涉及６０００多家对日农产品出口企业，以及主产区的经济发展和农民增收。尽管日本肯定列表制度是以维护国内消费者利益为名设立的，但是日方在设定标准和具体执行当中存在明显的不合理与歧视性，使得肯定列表制度成为事实上贸易壁垒，并突出表现为以下两个特点：
    第一，标准设定不合理、不科学，存在歧视性标准。根据世界贸易组织ＳＰＳ协定，“各国设定的影响产品国际间流动的技术标准必须处于科学、合理的水平，且这一水平需要进行风险评估”。但是，日本肯定列表制度设定的５万多项药物残留标准中，只有１万多项是通过科学实验得到验证的正式标准（日本称“现行标准”），剩余的４万多项还需通过评估后才能转化为正式标准（日方称“暂行标准”）。日方曾承诺在５年内完成对所有暂定标准的审核工作，将其转为正式标准。但从目前的情况看，日方此项工作进展非常缓慢，制度实施后已有两年多时间，调整过的标准仅几百项，今后即使按照年修改１０００项标准的进度计算，也要４０年的时间才能完成所有暂定标准的审核，这与其承诺的时限相距甚远。
    日本还设定了所谓的“一律标准”，即对没有设定具体标准的药物残留，一律执行０．０１ＰＰＭ 的标准。而国际通行的做法是依据毒理学评价结果，并考虑“每日允许摄入量（ＡＤＩ）”和“良好农业规范（ＧＡＰ）”。不同农药的ＡＤＩ不同，不同食品对ＡＤＩ的贡献不同，农药暴露量和安全风险也不一样。日本对不同食品种类制定“一律标准”的做法，既不符合国际规则，也不符合ＳＰＳ协定的科学原则。此外，日本在制定标准过程中，存在明显的歧视行为。对本国能够大量生产的农产品，农兽药残标准相对宽松，对于主要从中国进口的农产品，即便是相同品种的农兽药，却适用更加严格的残留限量标准，违反了ＷＴＯ的非歧视原则，形成事实上的贸易壁垒。按目前日本有关法规规定，如果一种农产品被查出违规案例达到一定标准，日方即可启动监控检查或命令检查，但是日方对违规案例的批次、解除监控检查或命令检查的条件和程序却没有做出相应规定。从目前情况看，经常是发生两例药残后就开始监控检查或命令检查，实施过于草率。而且即使中方政府、行业和企业迅速采取有效措施，杜绝了此类超标情况，日方也迟迟不能解除命令检查，严重影响了双方正常贸易的进行。
    第二，检查措施内外有别，阻碍公平贸易。尽管日方一再声称，对内对外一视同仁。但实际上对进口食品和国内食品采取“外紧内松”的差别待遇，主要表现为：一是抽查比例不同。进口食品抽查比例平均为１０％，有些甚至为５０％、１００％。而国内食品，以东京都为例，抽查比例不足１％。二是检查项目不同。２００６年度日本对进口食品检查农药４４８项，兽药１０５项、饲料添加剂３项，合计５５６项。而对国内食品的检查项目则很低，比如东京都２００６年只对５０项农药和４９项兽药进行检查，并缺少像孔雀石绿和硝基呋喃这样日本国内也在使用的重要项目。三是监管模式不同。对国内食品查出超标后，只对该批食品进行处理，对同类食品并不采取强化检查措施，而对进口食品则采取两批超标即对同类食品实施命令检查做法。四是超标信息披露形式不同。各地方政府对查出超标食品信息往往没有公开，或者拖后很长时间才公开，比如东京都的超标信息只能查到２００３年。这与进口食品一旦被查出超标，立即进行大张旗鼓宣传的做法大相径庭。

5. 其他壁垒
    随着中日两国经济贸易关系的日益密切，两国间商务人员往来也越来越频繁。中国外交部规定，为便于持普通护照的日本国公民前来中国大陆旅游、经商、探亲访友或过境不超过15天者，可免办签证从中国对外国人开放口岸入境。与此相反，日本政府至今仍对中国商务人员赴日签证设置烦琐的申请程序，使中国企业赴日带来诸多不便。日本入境管理当局对中国在日中资企业工作人员在留资格的取得和更新设置了苛刻的审查标准，影响了中资企业用工自由及业务开展。