欧盟合格评定制度的主管机构就是欧洲标准化委员会（CEN）、欧洲电工标准化委员会（CENELEC）和欧洲电信标准协会（ETSI），它们作为欧洲标准化机构被列在指令98/34/EC的附件中。他们不仅为欧盟起草标准，还为各成员国的有关机构起草标准，同时它们代表欧盟参加国际标准化活动。但是它们在合格评定制度所起的作用更多的是协调作用。

　　为了统一和协调第三方认证工作，1990年4月25日，欧共体、欧洲自由贸易区、CEN及CENELEC在布鲁塞尔签署了一个成立“欧洲测试及认证机构（EOTC）”的协议。EOTC本身并不颁发证书和标志，也不出检验报告，它的工作是召开协商会议、部门委员会及协商小组会议，组织各国认证检验机构进行经验交流。而统一和协调欧洲认证工作的基础则是各认证检验机构必须互相承认检验报告、证书和标志。

　　欧盟合格评定的具体管理工作仍然由各成员国负责。各成员国负责指定机构来承担有关新方法指令中要求第三方参与的合格评定活动，并对机构的能力负责。只有设立在成员国内的法律实体才有资格成为指定机构。指定机构被指派评价产品对基本要求的符合性，并确保按相关指令中有关程序在技术上实施这些要求的一致性。

　　成员国必须任命或设立主管当局对市场进行监督，主要是通过采取措施检查投放到市场的产品是否符合有关指令的要求，是否采取措施使不合格品转化为合格品，是否遵守相关的法律法规。新方法指令规定的保护水平要求成员国采取所有必要措施确保投放到市场或交付使用的产品不危及人身安全和健康，不损害相关新方法指令所涵盖的其他利益。

　　成员国海关当局负责对商品进行检查，如果发现产品某些特性显示这些产品极有可能存在随时引发对健康和安全产品严重危害的风险，或者发现产品未按相关产品的安全规定携带文件或加贴标志，则不能放行。对于新方法指令所覆盖的产品，海关当局会注意其CE标志。

　　海关当局和市场主管当局互通信息，并根据所接收的信息采取适当措施。