美国食品安全职能体系在1990年进行了较大调整。虽然美国一直自称是世界上“食品供应最为安全的国家”，但由于食源性疾病的频繁发生、人口老年化趋势的增长、食品生产、运输和人们消费模式的改变以及进口食品的增加，从而使美国大力度地对原有食品安全体系进行改善。
调整后的美国食品安全职能体系的特点是：立法、执法和司法三部门权利分离、工作方式公开透明、决策以科学为依据、公众广泛参与.强调联邦政府间以及相应的州和地方政府问的协调合作。有一套强有力的、灵活的、以科学为依据的法律法规。
食品安全立法部门
美国食品安全的立法部门是美国国会，美国国会是美国最高立法机关，由参议院和众议院组成。参议员由各州选民直接选出，每州2名，实行各州代表权平等原则。现有议员100名。当选参议员必须年满30岁，作为美国公民已满9年，当选时为选出州的居民。任期6年，每2年改选1/3，连选可以连任。众议员数按各州人口比例分配，由直接选举产生，每州至少1名，人数固定为435名，必须年满25岁，作为美国公民已满7年，当选时为选出州的居民。任期2年，连选可以连任。两院议员长期连任现象极为普遍。议员不得兼任其他政府职务。
美国国会行使立法权。议案一般经过提出、委员会审议、全院大会审议等程序。一院通过后，送交另一院，依次经过同样的程序。法案经两院通过后交总统签署；若总统不否决，或虽否决但经两院2/3议员重新通过，即正式成为法律。国会还拥有宪法所规定的其他权力，如对外宣战权、修改宪法权等。参众两院各自还拥有特殊权力。如总统与外国缔结的条约及总统任命的高级官员须经参议院“询和同意”；参议院还有权审判弹劾案，有权在特殊条件下复选副总统；众议院有权提出财政案和弹劾案，有权在特殊条件下复选总统。国会立法活动常受院外活动集团的影响。
国会两院在各自议长主持下工作。众议院议长由全院大会选举产生，副总统是参议院的当然议长。两院均设有许多委员会，还设有由两院议员共同组成的联席委员会，国会工作大多在各委员会中进行。
食品安全执法部门
美国在食品安全监管中有一套强有力保护公众健康的监管体系。美国执行食品安全监管的职能体系中主要负责食品安全监管的机构有：美国健康与人类服务部（DHHS），该机构主要负责食品安全监管的部门为食品与药品监督管理局（FDA）与疾病控制与预防中心（CAC）；美国农业部（USDA），该机构主要负责食品安全监管的是食品安全检验署（FSIS）与动植物卫生检验署（APHIS）；美国环境保护署（EPA），该机构与食品安全监管相关的部门包括了农药规划公办室（OPP）及国家环境评估中心（NCEA）。
美国食品安全监管体系中，80%的食品由美国健康与人类服务部（DHHS）的食品药品监管局（FDA）监管，肉类、禽类及蛋制品由美国农业部（USDA）的食品安全检验署（FSIS）监管，农药残留的制定则由美国环境保护（EPA）监管。此外，与食品安全监管相关的机构还有：美国商务部（DOC）的国家海洋和大气管理局（NOAA），以及美国财政部的海关总署和酒类、烟草和爆炸物管理局（ATF）。
FDA是美国健康与人类服务部（DHHS）的执行机构之一，也是美国联邦政府主管食品与药品的最高行政管理机构。主要负责美国国产和进口的食物、化妆品、药物、生物制剂、医疗器械、放射性产品、烟草产品安全的科学监管。FDA的使命是通过实施《联邦食品、药品和化妆品法》（FD&C Act）和其他公众健康法律来保护消费者健康。美国80%的食品由FDA监管。FDA在食品安全监管方面的职能范围是：所有国产和进口食品（但不包括肉类和禽类，肉类和禽类由农业部负责），瓶装水，酒精含量小于7%的葡萄酒。
FDA在食品安全监管中的具体职能是：检查食品生产厂家和仓库，采集分析样品，确定是否受污染；在食品进入市场之前检查食品添加剂和色素的安全性；监管动物饲料的安全性；制定指导性作业规程、法规、准则和法律解释，并协助各州贯彻实施；监管牛奶、贝壳类海鲜和食品零售业（如饭店和杂货店）；制定各类食品加工厂卫生标准；与外国政府合作确保进口食品的安全；进行食品安全研究和宣传教育。
FDA中的食品办公室负责对食品的监管，该办公室下设食品安全与应用营养中心（CFSAN）和兽药中心（CVM）。CFSAN通过保证美国的食物供应是安全、卫生、有益健康和被正确标识，以及化妆品是安全和被正确标识，以负责促进和保护公众的健康。CFSAN的首要职责包括：加入食物的物质的安全，例如食物添加剂（包括电离辐射和着色添加剂）的安全；通过生物技术开发的食物和成份的安全；海产食物危害分析与关键控制点监管；与食物产生的化学和生物污染物相联系的健康风险的监管与研究项目；对食物的适当标识（例如：成份、营养健康宣传）和化妆品的监管和活动；管理饮食补充剂、婴儿配方和医疗食物的规章和政策；安全和适当的标示的化妆品成份和产品；食物产品的上市后监督和执法；消费者教育和产业服务范围的扩展；与州和地方政府的合作项目；国际食品标准和安全的协调努力。兽药中心（CVM）主要管理动物食品的添加剂以及兽药的生产和销售。这些动物既包括用于人类消费的食用动物，也包括作为人类伴侣的宠物。
食品安全检验署（FSIS）是美国农业部食品监管的主要执行机构。FSIS主要是根据《联邦肉类检验法》、《禽肉制品检验法》 、《蛋制品检验法》对食品安全进行监管。FSIS的职能范围具体包括：国内和进口的肉、禽和相关产品，如含肉、禽的炖菜、比萨饼、冷冻食品、加工的蛋制品（一般液态、冷冻和干燥的巴氏杀菌的蛋制品）。
FSIS在食品监管方面的主要职能是：执行食品安全法律，管理国内和进口肉、禽产品；对用作食品的动物屠宰前和屠宰后进行检验；检验肉、禽屠宰厂和肉、禽加工厂；与美国农业部市场销售局（AMS）合作监测和检验加工的蛋制品收集和分析食品样品，进行微生物和化学污染物、感染物和毒素监测和检验；在准备、包装肉、禽产品、热加工和其他处理时，建立食品添加剂和食品其他配料使用的生产标准；建立工厂卫生标准，确保所有进口到美国的外国肉、禽加工符合美国标准；肉、禽加工者对其加工的不安全产品自愿召回；资助肉、禽加工食品安全的研究；教育行业和消费者安全的食品处理规程。
环境保护总署（EPA）在食品安全监管中的主要职责是防止农药等对环境和公众健康产生不良影响，环保署对食品中农药的残留和农药对环境的影响都建立了相应的限量标准。并且，环保署主要负责对饮用水进行监督管理。防止水污染发生，并与食品药品监管局（FDA）和食品安全检验局（FSIS）一起监督管理食品加工业用水的安全卫生。其主要监督管理手段包括：制订饮用水安全标准；对毒性物质和废物进行环境和食物链监督管理；协助州政府监测饮用水质量并预防饮用水污染；制订农药残留量最高限度，并发布农药安全使用的相关法规。
食品安全司法部门
美国食品安全的司法部门是美国司法部（U.S. Department of Justice，DOJ），美国司法部(DOJ)可以对违背美国法律、法规要求的企业或个人提起诉讼，相关食品安全监管部门可以根据法庭裁决对尚未上市的不安全食品进行没收查处。在美国食品安全系统中，当个人或组织对行政管理机构的某些决定有异议时，可以向法庭投诉该机构，包括已经征求过公众意见的最终法规。如果法庭发现行政当局没有满足程序法要求、或缺乏充足的理由，就可以推翻行政决定。相反，如果程序合法，理由充足，就可通过法的力量推动行政决定的贯彻实施。
美国司法系统在制定法规过程中起关键作用，它监督管理机构的行为是否符合法律和程序要求。法官或专门小组独立地监督检查行政管理机构的全部工作记录，详细地了解他们做了什么，为什么这样做。如果法院发现行政管理机构没有按照法规要求去做，或他们的行为没有理论根据，司法系统可以推翻行政管理机构的工作结论。司法系统既是公民参与权利的保障，也是行政当局实施行政法规的后盾。
