日本食品中黄曲霉毒素限量标准的规定主要是《アフラトキシンを含有する食品の取扱いについて》（《含有黄曲霉毒素食品的管理方法》）（2011年3月31日，食安发0331第5号）。该管理方法规定检出总黄曲霉毒素（黄曲霉毒素B1、B2、G1、G2的总和）含量10μg/kg以上的食品，定为违反《食品卫生法》第六条第二项的食品来进行了管理。
2015年7月23日，日本厚生省发布《乳に含まれるアフラトキシン M1 の取扱いについて》（《乳中所含黄曲霉素M1管理方法》）（食安发0723第1号），新制定了乳中黄曲霉毒素M1的限量基准，并将于平成28年1月23日即2016年1月23日起实施。
该管理方法规定检出黄曲霉毒素M1含量 0.5 μg/kg以上的乳，定为违反《食品卫生法》第六条第二项的食品来进行管理。“乳”是《乳及乳制品成分规格相关省令（昭和26年厚生省令第52号）第2条第一项中所规定品种，包括生奶、牛奶、特别牛奶、生山羊乳、消毒山羊乳、生绵羊乳、成分调整牛奶、低脂肪牛奶、无脂肪牛奶及加工乳。
乳中黄曲霉毒素M1的检测方法应参照日本厚生省告示《乳に含まれるアフラトキシン M1 の試験法について》《乳中黄曲霉毒素M1的检测方法应参照日本厚生省告示》（食安发０７２３第５号）。
表 日本食品中黄曲霉毒素限量标准
| 污染物 | 产品 | 限量标准 | 备注1 | 备注2 |
| 黄曲霉毒素总量（G2、B1、B2和G1） | 食品 | 10μg/kg | 2011年10月1日起生效 | |
| 黄曲霉毒素M1 | 乳 | 0.5μg/kg | “乳”是《乳及乳制品成分规格相关省令（昭和26年厚生省令第52号）第2条第一项中所规定品种，包括生奶、牛奶、特别牛奶、生山羊乳、消毒山羊乳、生绵羊乳、成分调整牛奶、低脂肪牛奶、无脂肪牛奶及加工乳。 | 2016年1月23日起实施。 |
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